Pada saat munculnya Pandemi Covid-19 Pengajian rutin yang diadakan oleh Masjid Jami' Kodama harus fakum dikarenakan situasi yang tidak memungkinkannya untuk mengadakan sebuah kegiatan yang membuat kerumunan masa. Namun, setelah pandemi Covid-19, khususnya di daerah Yogyakarta telah memasuki fase transisi menuju new normal, Yayasan Kodama Yogyakarta memulai kembali majelis pengajian rutin Masjid Jami' Kodama yang nantinya akan diadakan setiap hari Senin dengan kajian Tafsir Al-Qur'an dan hari Sabtu dengan kajian Fiqh dan Amaliyah.