معجم العين للخليل بن أحمد الفراهيدي بني على خطة ثابتة أوضحها في هيكل الكتاب وتقسيماته. وقد تم ترتيب معجم العين بناء على الأصوات ومخارج الحروف، إذ إنه قام بتجريد المفردات من الزوائد، ثم قام بترتيبها وفقا لمخارج أولها، فقد ابتدأ بالمخرج الأبعد وحتى الأقرب -أي من الحلق إلى الشفتين- ووضع المفردات ذات الحروف الواحدة في بند واحد، ثم يبين معنى الكلمة اللغوي مستشهدا بشواهد من القرآن الكريم والحديث الشريف والأمثال والأشعار... ويضم معجم العين كتبا بعدد حروف الهجاء. أما في ما يخص تسمية المعجم بمعجم العين فذلك لكون أول حروف المعجم هو حرف العين، إذ إن حرف العين هو أول الحروف من حيث مخرجها من الحلق، أما آخر حرف في المعجم فهو حرف الميم.