Formée dans les universités de Princeton, Chicago puis Oxford, Molly Przeworski a exercé au département de génétique de l'évolution de l'Institut Max Planck à Leipzig, puis à l'Université de Brown, au département de génétique humaine de l'Université de Chicago, avant de fonder sa propre équipe à l'Université de Columbia en 2014. Elle a bénéficié d'un soutien du prestigieux Howard Hugues Medical Institute (Early Career Award program). Dès le début de sa carrière, elle a enseigné des sujets très divers, allant des mathématiques à la génétique et faisant une large part à l'évolution humaine.

Molly Przeworski utilise la quantification fine des signatures génomiques pour étudier les mécanismes génétiques fondamentaux, comme le rôle de la protéine PRMD9 dans la méiose ou la source des mutations germinales. Elle s'intéresse aussi aux processus de sélection naturelle qui ont donné lieu aux adaptations humaines.